Берлиоз и Иван Бездомный знакомятся с иностранцем, этот иностранец был не кто иной, как Воланд. Воланд рассказывает о допросе и осуждении арестанта Га-Ноцри Понтием Пилатом: прокуратор знакомится с избитым арестантом, который к каждому обращается «добрый человек». Того арестанта обвиняют в бродяжничестве, в подстрекательстве на бунт. Иешуа Га-Ноцри из города Гамалы отрицает свою вину и рассказывает о Левии Матвее. Бывший сборщик податей последовал за Га-Ноцри и стал записывать за ним все его слова и действия. Прокуратор страдает от головной боли, поэтому допрос такого арестанта является пыткой и для него. Иешуа сказал, что боль исчезнет, и это действительно произошло. Пилат решает, что арестант является врачом, но Га-Ноцри отрицает. После допроса Пилат хочет спасти Га-Ноцри, но в качестве доказательства вины обвиняемого секретарь подает Пилату донос. Этот пергамент написан Иудой из Кириафа. Прокуратор понимает, что обвинение в покушении на власть кесаря означает смертный приговор для любого человека, но все же пытается заступиться за Иешуа перед Синедрионом. Обычай позволяет спасти одного из приговоренных, и Пилат намекает Каифе, первосвященнику иудейскому, что нужно дать свободу Га-Ноцри. Но Каифа даже после троекратного обращения Пилата дарует жизнь преступнику Вар-раввану. Прокуратор и священник спорят, но приговор уже вынесен. Прокуратор объявляет народу, что Вар-раввана отпускают. Готовится казнь Дисмаса, Гестаса и Га-Ноцри.
Также странный иностранец пророчествует смерть Берлиоза и сумасшествие Ивана. Берлиоз попадает под трамвай, ему отрезает голову. Иван бежит за незнакомцем, мистическим образом попадая в различные места Москвы. В это время из-за отсутствия Берлиоза заседание членов МАССОЛИТа откладывается. Оно перетекает в ужин в знаменитом ресторане Грибоедова. Перед жующей публикой появляется Иван в исподней и с иконой в руках. Все считают, что он сошел с ума, его отправляют в психиатрическую клинику, где ему ставят диагноз шизофрения.
На следующее утро в другой части Москвы Степа Лиходеев, директор варьете, страдает от похмелья после ночных гуляний. Когда Степа просыпается, он видит, что в его комнате сидит незнакомый ему человек (это был Воланд). Этот незнакомец показывает Лиходееву уже подписанный контракт на выступления в театре. Степан становится свидетелем появления кота, регента, Азазелло. «Маг» и его свита решают жить в квартире Лиходеева и Берлиоза. В результате такого решения Воланд и его свита выкидывают Степу из Москвы в Ялту.
Иван Бездомный знакомится с профессором психиатрии Стравинским, который обещает ему полное выздоровление. В этот же день Никанор Иванович Босой проверяет «нечистую» квартиру Лиходеева и Берлиоза, обнаруживает там иностранцев, получает от них взятку за их проживание в квартире. Однако через некоторое время ее изымают представители контролирующих органов госбезопасности, причем в свертке сумма не в рублях, а в валюте.
Степа Лиходеев шлет из Ялты телеграммы на имя финансового директора варьете Римского. В них он просит удостоверить его личность, а также денег на обратную дорогу. Римский и Варенуха принимают все за пьяную шутку, однако после длительной телеграфной переписки требования Степана выполняются. Римский посылает Варенуху отнести телеграммы в надлежащую инстанцию. Администратор очень энергично берется за выполнение плана, однако останавливается свитой Воланда и после укуса рыжей девицы становится вампиром.
Иван Бездомный борется с самим собой, не зная, что выбрать — свою правду или общую слепоту. Во время пребывания в клинике Иван знакомится с мастером, пациентом из соседней палаты. В городе проходит сеанс черной магии. Римский знакомится с магом и его помощниками. Представление начинается с выступления Бенгальского, знаменитого конферансье. Воланд осматривает горожан, размышляя вслух об изменениях горожан. Фагот и кот показывают фокусы. В качестве одного из номеров Фагот вызывает денежный дождь. Бенгальский пытается вставить свои комментарии, и Бегемот отрывает ему голову. После просьб о милосердии голова приставляется обратно. У Бенгальского случается припадок, и его увозят в больницу.
В варьете продолжается программа сеанса черной магии, и теперь на сцене открывается роскошный дамский магазин. Рыжая девица бойко зазывает женщин обменять свои предметы туалета на новые. Женщины выбирали и платья, и пижамы с драконами, и туфли, получая в подарок духи. После этого представления Аркадий Аполлонович Семплеяров настаивает на разоблачении техники фокусов. Фагот разоблачает самого Семплеярова, рассказывая о его связи с артисткой. Происходит потасовка, звучит марш, сеанс окончен.
В психиатрической клинике Иван рассказывает об иностранце своему гостю. Мастер рассказывает Ивану свою историю — о работе в музее, о выигрыше в лотерею. После получения денег он стал писать роман о Понтии Пилате. Его квартирка располагалась в подвале маленького домика, но очень нравилась своему хозяину. Мастер рассказал Ивану о знакомстве с женщиной — она несла желтые цветы, а после разговора с мастером выбросила их и пошла с ним рядом. Любовь выскочила перед ними, как убийца, молния, финский нож, и поразила обоих. Эта женщина стала тайной женой мастера, и он всегда ждал ее прихода. Мастер писал роман, она шила ему шапочку и подгоняла его работу. После того как в августе работа над романом была закончена и первые экземпляры попали в руки редакторов, в прессе появились разгромные критические статьи. Особенное внимание мастер обратил на статьи критика Латунского.
Мастер рассказывает Ивану о своем новом друге, который появился в то время. Его звали Алоизий Могарыч. Через некоторое время после знакомства с этим человеком мастер попадает в психиатрическую клинику.
Римский понимает, что одним сеансом дело не закончится. На улице у многих женщин исчезают вещи, которые они выменяли у Фагота. В его кабинет проникает Варенуха, рассказывает странные истории о Степе Лиходееве, и Римский понимает, что администратор не отбрасывает тени. Варенуха и Гелла угрожают Римскому, но тут вовремя раздался радостный крик дрессированного петуха. Нечисть вылетает в окно, седой Римский спешно уезжает из города.
В психиатрическую клинику попадает Никанор Иванович Босой, председатель домкома. Ему снится сон о собрании, в котором всем предлагают сдавать валюту.
Казнь троих приговоренных должна была произойти на Лысой Горе. Левий Матвей вместе со всеми присутствует на месте исполнения приговора, планируя избавить Иешуа от мучений ударом ножа. Но Левий опоздал. Иешуа Га-Ноцри был распят первым. После окончания казни Левий Матвей забирает тело Иешуа.
На другой день после сеанса в варьете весь город взволнованно обсуждал события. Пропала вся администрация варьете — Римский, Варенуха, Лиходеев. Бухгалтер Василий Степанович поехал сдавать кассу на такси, пошел с докладом к председателю Зрелищной комиссии, но увидел там пустой костюм. Секретарша Анна Ричардовна рассказывает, что Прохор Петрович исчез после визита толстяка с кошачьей мордой. Бухгалтер решает поехать в филиал Комиссии, но там поют песни и не могут остановиться. Ему объясняют, что приходил тип в клетчатом пиджаке. Василий Степанович добирается до финзрелищного сектора, но его арестовывают — в пакете лежали доллары, фунты, гульдены и т. д.
В это самое время из Киева приезжает дядя покойного Берлиоза — Поплавский. Он торопится в квартиру, чтобы вступить в права наследования. В квартире встречает Коровьева, разговаривает с котом. Кот настоятельно рекомендует Поплавскому возвратиться в Киев. Поплавский вылетел из квартиры. К Воланду приходит буфетчик из варьете, он жалуется на поддельные деньги. Коровьев и Воланд говорят ему, что ему осталось жить лишь 9 месяцев. После посещения нехорошей квартиры он обращается к лучшим специалистам по лечению печени, попадает на прием к профессору Кузьмину.
Женщину мастера звали Маргаритою Николаевной. Она была красива и умна. Она была замужем за хорошим человеком, которого уважала, но не любила. Вместе с мужем она жила в доме возле Арбата. В ее жизни не было счастья до тех пор, пока она не встретила мастера и не полюбила его. Ей снится сон о мастере, и она просыпается с предчувствием, что что-то произойдет. Ее домработница, Наташа, рассказывает о вечерних происшествиях после сеанса, но Маргарита не верит. Она едет гулять и встречается с рыжим типом, который декламирует отрывки Его романа и обещает ей вести от Него, мастера. Но ценой за услуги будет посещение иностранца, который недавно прибыл в город. Она соглашается ехать к иностранцу в гости, и Азазелло дает ей крем. Вечером она мажет тело этим кремом и молодеет на глазах. Тело ее становится невесомым. Она пишет записку мужу и следует инструкциям Азазелло. На половой щетке Маргарита совершает полет по ночному городу. В «Доме Драмлита» она уничтожает все в квартире критика Латунского, который в это время хоронил Берлиоза.
После этого Маргарита успокаивается и вылетает из города. Ее догнала Наташа, которая, расшалившись в спальне после отлета хозяйки, намазалась сама остатками крема и мазнула соседа Николая Ивановича. Теперь она, совершенно нагая, летела на борове с портфелем. Маргарита решила искупаться в реке. При помощи нового знакомого толстяка ее сажают в буланую машину с шофером-грачом, и она попадает в Москву, на улицу Садовую, в квартиру Берлиоза. Там она знакомится с Коровьевым. Он объясняет ей, что ежегодно мессир дает весенний бал полнолуния, или бал ста королей. Ему нужна хозяйка, и это — она. Маргарита входит в комнату Воланда, который играет в шахматы с Бегемотом. Воланд показывает ей свой глобус и своего Абадонну.
Маргариту наряжают и отправляют на бал. Она принимает гостей, улыбаясь каждому. Коровьев рассказывает их истории. История Фриды привлекает внимание Маргариты больше, чем все остальные. Фрида убила своего ребенка, задушив платком, и с тех пор каждый день находит его на столике. Маргарита на правах хозяйки выдерживает все прикладывания к руке и колену, делает несколько выходов. После бала Воланд весело ужинает со своей свитой, а Маргарита вместо просьбы о мастере просит за Фриду. Ее просьбу удовлетворяют и дают шанс еще раз что-то попросить. Она требует, чтобы ей вернули ее любовника, мастера. И его доставляют прямо из палаты душевнобольных. Мастеру возвращают рукопись и освобождают комнату от Алоизия Могарыча в переулке на Арбате. Воланд дарит Маргарите золотую подкову.
Город Ершалаим терзает ураган. Прокуратор разговаривает с человеком в капюшоне, который сообщает прокуратору, как прошла казнь Иешуа. Прокуратор предлагает Афранию заняться охраной Иуды из Кириафа, говоря, что имеются сведения, будто на Иуду нападут единомышленники Иешуа.
Афраний целенаправленно ходит по городу, вызывает Низу. Она выскользнула из домика и встретилась с Иудой. Назначив ему свидание, Низа ушла. Иуда в нетерпении выходит за городские ворота, и его убивают.
Прервав беспокойный сон прокуратора, Афраний докладывает ему об убийстве Иуды. К сожалению, он ничего не смог сделать, чтобы спасти Иуду. Также в докладе упоминается о кошельке с тридцатью тетрадрахмами, который Иуда получил от Каифы и который вернулся к первосвященнику. Также Афраний рассказывает Пилату о том, что нашли Левия Матвея рядом с телом Га-Ноцри в пещере и разрешили ему участвовать в погребении арестанта.
Пилат встречается с Левием Матвеем. Последний отдает прокуратору свиток пергамента, на котором записаны слова Иешуа. В разговоре с Левием Пилат признается, что это он приказал убить Иуду. Левий Матвей злится, что ему не удалось сделать это самому, Пилат отнял у него это право. Ведь именно Левий больше всех любил Иешуа. Пилат говорит, что не он один.
А в это время в Москве расследуют дело Воланда. Показания Семплеярова значительно помогли следствию, квартиру обыскивали и не раз, но ничего не удалось обнаружить. Прохор Петрович вернулся в свой костюм, Римского разыскали в Ленинграде. Следователи приходили и к Ивану Бездомному, но он больше не интересовался произошедшим на Патриарших прудах. Прилетел из Ялты Лиходеев, после двух дней отсутствия был арестован Варенуха. Маргарита и Наташа были объявлены в розыск.
В обед в квартире Лиходеева хотели поймать кота с примусом. Его пытались ловить сетью, но он сбежал на крышу, предварительно поджег квартиру.
Последние похождения Коровьева и Бегемота начались в помещении Торгсина. Там Бегемот начал есть мандарины, шоколад, селедку. Затем они идут в «Грибоедов», где их сначала не пропускают, а затем, по личному указанию Арчибальда Арчибальдовича, потчуют от души. Ресторан сгорает так же, как и квартира на Садовой улице.
Воланд встречается с Левием Матвеем. Левий передает пожелание Иешуа, чтобы и мастера, и Маргариту Воланд взял с собой и наградил покоем. Азазелло отправляется к влюбленной паре и подает им отравленное вино. Маргарита обвиняет Азазелло в отравлении. Но это была лишь физическая смерть. Перед отъездом все трое сжигают квартиру мастера. Мастер прощается с Иваном Бездомным, и вся компания улетает прочь из города. В полете внешность всех членов группы меняется. Мастеру разрешают освободить Понтия Пилата. Пара нашла свой вечный дом.
Профессор Иван Николаевич Понырев — тот самый Иван Бездомный — теперь сотрудник института истории и философии. Он тяжело болен, и в ночь полнолуния его будит одно и то же. Ему снится лунная дорога, по которой идут двое: человек в белом плаще с кровавым подбоем и молодой человек в хитоне и с изуродованным лицом. Они разговаривают, а за ними идет большой остроухий пес. И тогда лунная река разливается, от нее исходит свет, в котором появляется красивая женщина, ведущая за собой обросшего бородой человека. Иван протягивает к нему руки и говорит: «Так, стало быть, этим и кончилось?» Человек подтверждает, что да. А женщина целует Ивана в лоб. И тогда Иван спит безмятежным сном, и до следующего полнолуния его не потревожит никто. «Ни безносый убийца Гестас, ни жестокий пятый прокуратор Иудеи всадник Понтий Пилат».